Kauza Technopol se následně stala záminkou pro únos a zavlečení Kováče mladšího do Rakouska. I v tomto vysoce zpolitizovaném případu se objevily vazby na Kočnera. Ten měl poskytoval finanční pomoc Oskaru Fegyveresovi, bývalému agentovi slovenské civilní rozvědky SIS, jenž vypověděl, že v únosu měl prsty šéf SIS Ivan Lexa – blízký spolupracovník premiéra Vladimíra Mečiara, známého napjatými vztahy se slovenským prezidentem. Fegyveres si zřejmě útěkem ze Slovenska zachránil život. Jeho kamarád Robert Remiáš zahynul při výbuchu auta.
Michal Kováč ml. i Marian Kočner nakonec vězení unikli: všem obviněným udělil prezident v roce 1997 milost.
Technopol a únos prezidentova syna představují v Kočnerově životě ještě jeden milník. Právě tehdy začal kontroverzní podnikatel spolupracovat s mladým ambiciózním novinářem deníku SME, jenž se později vyšplhal až na pozici šéfa “pomečiarovské SIS”: Petrem Tóthem.